Az intenzív mezőgazdasági tevékenység hatására a talajban élő mikroorganizmusok száma lecsökkenhet , a talaj termőképesség csökkenhet.. A biotrágya olyan, élő mikroorganizmusokat tartalmazó trágya, melynek segítségével a talaj termőképessége vegyszerek nélkül  növelhető. A talajban vannak olyan tápanyagok, például a foszfor, melyeket a növények csak az ott élő mikroorganizmusok segítségével tudnak felvenni. A baktériumok által termel szerves savak oldhatóvá teszik ezeket az anyagokat, így a növények is fel tudják szívni azokat gyökereiken keresztül.